In 1638 vertrekt de jonge Portugese priester Sebastian Rodrigo naar Japan, om daar te helpen bij het verspreiden van de katholieke leer. Hij weet dat hem een zware taak wacht: de Japanse machthebbers keren zich de laatste jaren steeds feller tegen de christenen. Ze worden opgejaagd, gedwongen hun geloof te verloochenen, gemarteld en gedood. Waar de jonge priester echter niet op voorbereid is, is dat zijn eigen geloof zwaar op de proef wordt gesteld. Want als de mensen die hij wil helpen, vanwege zijn overtuiging de dood vinden - wat is dan de zin van zijn komst naar dit vijandige land? En waarom heeft zijn grote voorbeeld, priester Ferreira, hun orde verraden? Erger nog: waarom lijkt God in alle talen te zwijgen?